In den ersten Wochen des Betriebs wurden in das Fort VII vor allem die nach den Listen des „Sonderfahndungsbuches Polen“ routinemäßig verhafteten polnischen Aktivisten, Teilnehmer am Posener Aufstand 1918/19 und Angehörige der Intelligenz eingeliefert. Sie wurden in den meisten Fällen bereits nach wenigen Tagen von Standgerichten zum Tode „verurteilt“ und anschließend hingerichtet. Die Hinrichtungen geschahen meist durch Erschießen und Erhängen, später praktizierten die Nazis u.a. auch die grausame Technik der „Glocke“: In einer unterirdischen Kasematte wurden Gefangene an den Füßen aufgehängt und ins Schwingen gebracht, bis sie sich an den Mauern die Schädel einschlugen.
Viele Gefangene kamen auch durch die unhygienischen Haftbedingungen und durch sadistische Schikanen der Bewacher beim „Hofgang“ ums Leben. Im Museum wird die „Todeswand“ gezeigt, eine Mauernische, in der nach Angaben Überlebender täglich 7 bis 9 Gefangene erschossen wurden. Zu Massenhinrichtungen wurden die Gefangenen in der Regel in Wälder in der Umgebung transportiert.
Das Fort VII war auch einer der ersten Orte, an dem die Ermordung psychisch Kranker durch Gas erprobt wurde (vgl. Sachstichworte Aktion T4 und Krankenmorde im deutsch besetzten Polen). Im November und Dezember 1939 wurden in einer „Probegaskammer“ bis zu 400 Patienten der Psychiatrischen Abteilung des Städtischen Krankenhauses und der Heilanstalt Owińska vor den Toren von Poznań (ca. 12 km nördlich) durch Kohlenmonoxidgas umgebracht. Am 12./13. Dezember 1939 ließ sich SS-Reichsführer Heinrich Himmler das Verfahren demonstrieren. Die Gaskammer im Bunker 17 wurde anschließend wieder abgebaut. Ein ähnliches Verfahren (fahrbare Gaskammer mit Motorabgasen) setzte das SS-Sonderkommando Lange bei der Tötung von Kranken und Behinderten anderer psychiatrischer Klinken u.a. im Warthegau und ab Dezember 1941 bei der Massentötung von Juden im Vernichtungslager Kulmhof (Chelmno nad Nerem) ein; Näheres siehe dort. Die LKW mit fahrbarer Gaskammer wurden z.T. auf dem Gelände des SS-Hauptquartiers 'Soldatenheim' in der ul. Niezlomnych 2 montiert.
Ab Ende 1939 diente das Fort VII als „Arrest der Staatspolizei“. Die Dauer der Haft wurde länger, sie endete aber weiter entweder mit dem Tode der Gefangenen vor Ort oder mit ihrer Weiterleitung in größere deutsche Konzentrationslager oder Gefängnisse, in die die meisten Gefangenen deportiert wurden. Ab 1941 wurden verstärkt Polen kurzzeitig inhaftiert, die sich der Arbeitspflicht für die Besatzer zu entziehen suchten. Es entstand die Kategorie der „Sonntagshäftlinge“, die vom Arbeitsschluss am Samstag bis zum Arbeitsbeginn am Montag in das Lager eingeliefert wurden.
Ab 1943 wurden die Häftlinge zum Bau eines Nachfolgelagers im Posener Vorort Żabikowo (Lubon) (damals: Posen-Lensingen) eingesetzt und anschließend dorthin verlegt. Der letzte Transport verließ das Lager am 25. April 1944. Anschließend produzierte die Firma Telefunken im Fort VII bis zum Ende der Besatzungszeit Funkgeräte für den Bedarf der Wehrmacht.