Das Ghetto
Als Ort des Ghettos wurde Anfang Juli zunächst das ärmliche Kaukazas-Viertel bestimmt, Ende August wurde das Ghetto um den Bezirk Ežero-/Trakų-Straße erweitert, weil der erste Ghettobezirk überfüllt war. Die Befehlsgewalt lag ab Anfang August bei Gebietskommissar Hans Gewecke. Nach Abschluss der „Übersiedlung“ lebten im Ghetto 4.000 bis 5.000 Juden unter elenden Bedingungen. Der Judenrat unter Vorsitz von Mendel Leibovič organisierte das Ghetto-Leben, vor allem die schwierige Versorgung mit Lebensmitteln und Wohnungen. Innerhalb des Ghettos entstanden in jeweils beiden Ghettobezirken Einrichtungen wie die Ghetto-Polizei, Gericht, Arbeitsamt, Krankenhaus und Werkstätten wie Wäscherei, Schneiderei, Schusterei, eine Kartonagenwerkstatt und eine Bürstenfabrik. Nach Umwandlung des Ghettos in ein Konzentrationslager 1943 wurde Leibovič durch Georg Parieser abgelöst. Eliezer Yerushalmi, der den Holocaust überlebende Sekretär des Ghettos, verfasste ein Tagebuch, das als erhalten gebliebene Quelle das schwere Leben im Ghetto beschreibt.
Noch während der Wochen der Entstehung der beiden Ghettobezirke, vor allem aber nach deren Abriegelung am 1. September 1941, wurden immer häufiger „Aktionen“ durchgeführt, die mit der Ermordung von kleinen und größeren Gruppen – von nicht arbeitsfähigen Älteren und Kranken, von Kindern und Frauen, auch gezielt „ausgesonderten“ Akademikern – in der näheren Umgebung von Šiauliai endeten. Die Opfer wurden u.a. bei Kužiai, Bubiai, Kuršėnai, Gruzdžiai, Radviliškis und Žagarė erschossen und in Massengräbern verscharrt. Solche Mordaktionen fanden auch am 3. und 6./7. September sowie Anfang Oktober statt. Danach begann eine fast zweijährige Phase „relativer Ruhe“, wenngleich bei anhaltender quälender Gefangenschaft und Zwangsarbeit. Trotzdem entfaltete sich in dieser Zeit im Ghetto ein kulturelles Leben mit vielfältigen Angeboten: es gab eine heimliche Synagoge und zwei Schulen im Untergrund, verschiedene Jugend- und Interessensgruppen, Musik- und Kulturabende, eine Untergrundzeitung in hebräischer Sprache. Doch die vom Judenrat erhoffte Abwehr der insgesamt drohenden Vernichtungspläne war nur sehr eingeschränkt wirksam: allein in den ersten Wochen des Ghettos erfolgten neue Mordaktionen, denen zwischen 800 und 1.000 Juden zum Opfer fielen. Die Gesamtzahl der Todesopfer in der Zeit von Ende Juni bis September lag zwischen 1.700 und 2.000. Die Bemühungen der kleinen, 1942 im Ghetto gegründeten Untergrundgruppe Masada unter der Führung von Josef Leibovič, eine Widerstandsorganisation im Ghetto aufzubauen, scheiterten nicht nur an der Furcht des Judenrats vor Repressalien, sondern auch am Mangel an Waffen und an der Unmöglichkeit, Kontakt mit Partisanen jenseits der lettischen Grenze aufzubauen.
Die verbleibende „arbeitsfähige“ Bevölkerung musste bis September 1943 Zwangsarbeit vor allem in den Fabriken, in der Landwirtschaft und beim Bau eines Flughafens leisten. Am 1. Oktober 1943 wurde das Ghetto Šiauliai in eine Abteilung des Konzentrationslagers Kaunas umgewandelt und unterstand nun der SS unter der Leitung von SS-Hauptsturmführer Heinrich Förster, die in der Umgebung ein Netz von Arbeitslagern errichten ließ. Zwangsarbeit musste geleistet werden in den Torflagern Radviliškis, Bačiūnai, den Waffenwerkstätten in Linkaičiai, der Zuckerfabrik in Pavenčiai, der Kalkgrube in Akmenė, der Ziegelei in Daugėliai und auf den Kartoffelfeldern in Viduklė. Nach der Verlegung der Zwangsarbeiter in diese Arbeitslager wurde das Kaukazas-Ghetto Mitte Oktober 1943 aufgelöst. Die verbliebenen 1.200 Ghettogefangenen wurde in das Ežero- und Trakų-Ghetto verlegt, das noch bis August 1944 aufrechterhalten wurde. Es wurde am 5. November 1943 Schauplatz einer besonders sadistischen Mordaktion, als es unter SS-Befehl durchkämmt wurde und fast alle im Ghetto noch lebenden 600 Kinder, aber auch ca. 200 Alte, Kranke und weitere Erwachsene herausgeholt, mit Lastwagen abtransportiert und danach ermordet wurden – „ … der schwärzeste Tag in unserem unfreundlichen Ghettoleben: sie nahmen uns die Kinder fort“, wie Eliezer Yerushalmi in sein Tagebuch eintrug. In der Stadt wurde das Armeebekleidungsamt zum großen Arbeitslager außerhalb des Ghettos, in dem 1944 mehr als 800 Juden und sowjetische Zwangsevakuierte in der Textilwirtschaft, aber auch zu schwerer körperlicher Arbeit im Bau und an den Straßen eingesetzt wurden. In den Fabriken, vor allem bei Fraenkel und Bata, arbeiteten ebenfalls noch fast 1.000 Juden.
Anfang Juli 1944 wurden die externen Arbeitslager aufgelöst. Die etwa 2.000 Juden aus diesen Lagern wurden wieder in das Ghetto zurückverlegt, wo noch ca. 2.000 Juden lebten. Dazu kamen 3.000 Zwangsarbeiter vom Flugplatz von Panevėžys und tschechische, ungarische, deutsche und estnische Juden aus Kaunas, Riga und Wien. Sie wurden vom 15. bis 22. Juli 1944 in vier großen Bahntransporten in das Konzentrationslager Stutthof und andere Lager deportiert, u.a. nach Dachau. Das Ghetto wurde danach niedergebrannt. Insgesamt konnten ungefähr 150 Juden aus den umliegenden Lagern flüchten. Von den vielen tausend Juden Šiauliais haben nur 500 bis 600 überlebt.